|
2011, Volume 27, Number 2, Page(s) 106-109 |
|
DOI: 10.5146/tjpath.2011.01057 |
Patoloji Pratiğinde Yeni Bir Çare Uygulaması: Örnek Karışıklığına Moleküler Çözüm |
Hüseyin BALOĞLU1, Nuri YİĞİT2 |
1Department of Pathology, GATA Haydarpaşa Education Hospital, İSTANBUL, TURKEY 2Department of Pathology, GATA, Faculty of Military Medicine, ANKARA, TURKEY |
KEY WORDS :
Doku aidiyeti tayini, DNA tek zinciri konformasyon farklılığı, Kısa tekrar bölgeleri |
Amaç: Patoloji pratiğinde, tüm önlemlere rağmen, nadir de olsa
tanı örneğinin ‘aidiyeti' konusunda kuşkular yaşanmaktadır. Bu
durumun istenmeyen sonuçlara yol açma potansiyeli taşıdığı
kuşkusuzdur. Bu çalışmada, tanı örneklerinin karışıklığı kuşkusunu
gidermeye ve örneklerin ‘aidiyetini' belirlemeye yönelik bir uygulama
tanımlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Genomda tanımlı kısa tekrar bölgelerinden (STR)
CSF1PO, TH01, TPOX, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179,
D13S317, D16S539 ve Penta E'yi içeren biyoinformatik ayrım gücü
yüksek ve uygulanabilirliği kolay bir kombinasyon seçilmiştir. Olası
tanı materyali karışıklığı, iki farklı kişiye ait 3 doku örneği üzerinden
model 1, model 2 ve model 3 olarak 3 farklı durumda kurgulanmıştır.
Seçilen dokulardan A (tükürük bezi) ve B (çizgili kas) kodlu olanlar
aynı kişiye, C (uterus duvarı) kodlu olan ise farklı bir kişiye aittir.
Modellerden ilkinde karışıklık yoktur (M1: A/B). İkincisinde 2
tanı materyali arasında karışıklık vardır (M2: B/C). Sonuncuda ise
2 kişiye ait 3 tanı materyali arasında karışıklık vardır (M3: A/B/C).
Örneklerden DNA ekstraksiyonu yapılmış ve her bir STR için özel
primerlerle hedeflerin ayrı ayrı PCR amplifikasyonu yapılmıştır.
Amplikonlar kimyasal denatürasyondan sonra, DNA tek zincirinin
konformasyon farklılığına (SSCP) dayalı ayrım için poliakrilamid
jel matrikste elektroforeze tabi tutulmuştur. Bu matrikste her STR
için oluşan özgün konformasyon paternlerinin ‘aynı/farklı olma'
prensipine göre, M1, M2 ve M3 modellerindeki tanı materyalinin
aidiyeti irdelenmiştir.
Bulgular: M1, M2 ve M3 modellerinin her birinde 10 ayrı STR SSCP
paterni değerlendirilerek, tükürük bezi, çizgili kas ve uterus duvarı
örnekleri tek tek ayırt edilebilmiştir.
Sonuç: Tanı örneği karışıklığını çözmeyi amaçlayan bu uygulama
basit ve ucuz bir SSCP uygulamasıdır ve ne kadar etkili çalıştığı olası
model karışıklıklarında gösterilmiştir.
|
|
|
|